Markdown转LaTeX论文：模板、引擎与引用后端怎么选

先说结论：如果已经有一份 Markdown 论文，并且需要沿用期刊、会议或学校提供的 LaTeX 工程，本地使用 Pandoc 生成 LaTeX，再按目标工程的规则编译，通常是更直接的路径。InkFount 适合另一种情况：稿件已经在站内可视编辑器中，目标格式也在当前模板卡片明确支持的范围内。它不是把现有 .md 或任意 .tex 上传后自动改造成投稿工程的转换器。

转换前先确定六项交付契约

不要先运行命令，再根据报错猜要求。至少先确认以下六项：

1. 最终交付物：需要单个 .tex、完整 LaTeX 工程，还是编译后的 PDF。
2. 模板与文档类：目标使用标准 article，还是专用文档类（document class）。
3. 编译引擎：使用 pdfLaTeX、XeLaTeX、LuaLaTeX，还是模板指定的构建工具。
4. 宏包与字体：工程依赖哪些 .sty、系统字体和数学字体，中文由什么方案处理。
5. 引用后端：文献由 citeproc 按 CSL 样式排版，还是交给 natbib/BibTeX 或 biblatex/biber。
6. 结构规则：标题层级、图表题注、公式编号、交叉引用和图片路径如何进入目标工程。

Pandoc 官方手册说明，它主要保存文档结构，但其内部模型不能表达所有格式细节，也不会自动推断页边距等排版要求。因此，“成功生成 .tex”只说明转换程序完成了工作，不代表输出已经符合投稿规范。

先辨认手中的“模板”是哪一种

“模板”可能指两种不同的文件，接入方法不能混用。

含 Pandoc 占位变量的模板

真正供 --template 使用的 Pandoc 模板通常包含 $body$、$title$ 等变量，以及 Pandoc 的条件或循环语法。确认文件确实按这种规则编写后，才适合显式传给 --template：

pandoc paper.md \
  --to=latex \
  --standalone \
  --template=pandoc-template.tex \
  -o paper.tex

--standalone 会生成带完整头部和正文环境的文档；若没有指定 --template，Pandoc 使用自己的默认 LaTeX 模板。模板变量及版本兼容方式可查阅官方模板说明。

期刊或学校提供的普通 LaTeX 工程

另一类“模板”是一个现成工程，可能包含 main.tex、.cls、.sty、.bst、图片目录和构建脚本。它的 main.tex 通常只是普通 LaTeX 主文件，并不含 Pandoc 占位变量，不能因为扩展名是 .tex 就直接作为 --template 使用。

此时更稳妥的思路是保留原有 main.tex、\documentclass、前导区和构建命令，只让 Pandoc 在不启用 --standalone 时输出正文片段：

pandoc paper.md \
  --to=latex \
  -o body.tex

然后检查原工程是否已经给出明确的正文接入点，例如某个 \input、\include 或模板专用环境。只有接入规则明确时，才能把生成片段放到相应位置。不同工程对摘要、作者信息、章节命令、参考文献和附录的组织方式并不相同；如果没有清楚的插槽，就需要针对该工程单独适配，不能假定一条通用命令适用于所有模板。

这类 body.tex 不是自包含文件；YAML 中的标题、作者和摘要也不会通过 Pandoc 模板自动进入目标主文件，需要按原工程结构另行映射。还要检查片段是否使用了目标前导区未定义的命令、宏包或环境；这些依赖会随正文内容和 Pandoc 版本变化。发现缺口时，应按该工程的约束补齐相应定义或改写生成片段，不能机械复制 Pandoc 默认模板的整套前导区。

citeproc、natbib 与 biblatex 要按目标分流

.bib 只是文献数据来源，不能据此判断最终使用哪种引用后端。

如果希望由 Pandoc 直接排版引用和文献表，可使用 --citeproc --bibliography=ref.bib，并显式提供目标要求的 CSL 文件。若省略 --csl，Pandoc 默认使用 Chicago author-date，这通常不能直接代表学校或期刊规范。

如果目标工程要求 natbib 与 BibTeX，应选择 --natbib，保留由后续 LaTeX/BibTeX 流程处理的引用命令。若工程采用 biblatex，则选择 --biblatex，再按工程说明调用 biber 或相应后端。--natbib、--biblatex 都不应与 --citeproc 混用。具体选项边界见Pandoc 引用说明。

公式不会默认变成带编号的 equation 环境

Pandoc 的默认映射比许多教程描述得更直接：Markdown 中的行内 TeX 公式会在 LaTeX 输出中写成 \(...\)，$$...$$ 展示公式会写成 \[...\]，而不是自动变成 equation 环境。\[...\] 本身不提供公式编号或标签。官方数学公式说明对此有明确说明。

如果论文需要公式编号和正文引用，就要在源文档规范、Pandoc 过滤器或目标 LaTeX 工程中明确处理。公式里的自定义命令也不会由转换器自动补齐定义；缺少相应宏包或前导区声明时，生成的源码仍会编译失败。

图表也要区分“识别为结构”和“完成交叉引用”。Pandoc 可以把符合条件的图片识别为 figure，并处理表题，但“如图 2”“见式（3）”这类随顺序更新的编号引用通常还需要额外规则。pandoc-crossref 是 Pandoc Extras列出的外部过滤器，使用前应检查安装和版本兼容；目标工程已有自己的标签方案时，则应服从工程规则。

中文字体和页边距同样不能靠转换器猜测。Pandoc 的 CJKmainfont 变量需要 XeLaTeX 或 LuaLaTeX 及相应宏包，而且所填字体必须真实安装在编译环境中。“SimSun”不是跨平台的通用答案。geometry 可以设置页边距，但专用文档类可能已经控制版心，此时不应再用任意数值覆盖模板要求。

验收要覆盖源码、日志和成稿

生成文件后，至少完成四项检查：

1. 查看生成的 LaTeX，确认章节、公式、图片、表格和引用没有变成普通文本或落入错误位置。
2. 使用目标工程原本规定的引擎和构建命令，不自行替换成看似方便的编译方式。
3. 检查缺失文件、未定义命令、字体错误，以及未解析的文献引用和交叉引用等警告；引用和交叉引用可能需要多轮构建，不能用“编译一次”作为标准。
4. 打开最终 PDF，核对标题作者、章节层级、字体、页边距、公式、图表题注和文献表，再与正式投稿说明逐项对照。

能够编译、版面看起来正常和符合投稿要求，是三个不同层次的结果。

什么时候选择 InkFount

如果内容已经在 InkFount 的连续可视稿件中，并且当前模板卡片正好支持目标语言和格式，可以使用站内导出路径。快速上手展示了连续可视稿件的工作流。InkFount 当前没有面向用户的源码模式，也不导入 Markdown 或任意 .tex，也不接收用户模板或自定义宏包。

站内稿件可以管理图片、表格、公式及其交叉引用，编号会随内容顺序更新，但复杂公式在不同模板中的呈现仍可能不同。完成稿件和引用检查后，登录用户先选择模板，再选择该模板当前提供的 LaTeX 源代码或 PDF 等格式；页面没有显示的组合不能当作可用能力。对于生成的 LaTeX 工程，只应将其描述为对应模板提供的工程 ZIP；未检查真实产物时，不应枚举其内部文件。InkFount 导出帮助给出了当前流程和限制。

因此，已有 .md 文件且需要保留自定义工程控制权时，选择本地 Pandoc；稿件已在 InkFount、目标格式在当前模板支持范围内时，再选择站内模板导出。先确认输入条件和交付契约，才能避免把“格式转换”误当成“投稿工程已经完成”。